1971 yılına kadar Kara Kuvvetleri Komutanlığına bağlı çeşitli birliklerde Takım ve Bölük Komutanlığı yapan Orgeneral Başbuğ, 1973 yılında Kara Harp Akademisini kurmay subay olarak bitirdikten sonra; Genelkurmay Plan Harekât Daire Başkanlığında Karargâh Subaylığı, Kara Harp Akademisi Öğretim Üyeliği, Brüksel'de NATO Uluslararası Askerî Karargâhında Cari İstihbarat Plan Subaylığı, Kara Kuvvetleri Komutanlığı Plan ve Prensipler Başkanlığı Savunma Araştırma Şube Müdürlüğü ve 51'inci Piyade Tümeni 247'nci Piyade Alay Komutanlığı görevlerini yürütmüştür.
İngiltere Kara Harp Akademisi ve NATO Savunma Kolejini de bitiren Orgeneral İlker Başbuğ, 1989 yılında Tuğgeneralliğe terfi etmiştir. Tuğgeneral rütbesi ile Belçika / Mons'ta Avrupa Müttefik Kuvvetleri Yüksek Karargâhında (SHAPE) Lojistik ve Enf. Daire Başkanlığı ile 1'inci Zırhlı Tugay Komutanlığı görevlerinde bulunmuş, 1993 yılında Tümgeneralliğe terfi etmiştir. Tümgeneral rütbesi ile Jandarma Asayiş Komutan Yardımcılığı ve Belçika / Mons'ta Millî Askerî Temsil Heyeti (NMR) Başkanlığı görevlerinde bulunmuş, 1997 yılında Korgeneralliğe terfi etmiştir. Korgeneral rütbesi ile 2'nci Kolordu Komutanlığı ve Millî Güvenlik Kurulu Genel Sekreter Başyardımcılığı görevlerinde bulunmuştur.
2002 yılında orgeneralliğe terfi eden İlker Başbuğ 2002-2003 yıllarında Kara Kuvvetleri Komutanlığı Kurmay Başkanlığı, 2003-2005 yılları arasında Genelkurmay İkinci Başkanlığı, 2005-2006 yıllarında Birinci Ordu Komutanlığı görevlerini müteakip 2006 yılı atamaları ile Kara Kuvvetleri Komutanlığı'na atanmıştır.
Orgeneral İlker Başbuğ, 2008 yılı Yüksek Askerî Şûra kararları ile Türk Silahlı Kuvvetleri Genelkurmay Başkanlığı görevine getirilmiş ve 30 Ağustos 2010 tarihinde yaş haddinden emekli olmuştur. Başbuğ; TSK Üstün Cesaret ve Feragat Madalyası, TSK Üstün Hizmet Madalyası ve TSK Şeref Madalyası sahibidir.
Emekli olduktan sonra yazarlığa atılıp, "Terör Örgütlerinin Sonu" isimli kitap yazmıştır. "20inci Yüzyılın En Büyük Lider: Mustafa Kemal" adlı ikinci kitabını cezaevinde tamamlamıştır. Yayımlandığı ay Türkiye'de en çok satanlar listesinde ikinci sırada yer almıştır. Bir önceki kitabının devamı niteliğinde olan "20inci Yüzyılın En Büyük Lider: Atatürk" isimli üçüncü kitabı, Kasım 2012 tarihinde yayımlanmıştır.
Emekliliğinden 17 ay sonra, tanık olarak dinlenilmesi beklenen 'İnternet andıcı' davası kapsamında Başbuğ hakkında 2 Ocak 2012 tarihinde soruşturma başlatıldı. 6 Ocak 2012 tarihinde ‘silahlı terör örgütü yöneticiliği ve hükümeti ortadan kaldırmaya teşebbüs’ suçlamalarından tutuklanmıştır.
Başbuğ, adliye çıkışında şöyle demiştir:
"Türkiye Cumhuriyetinin 26ncı Genelkurmay Başkanı terör örgütü kurmak ve yönetmekle suçlanmıştır. Takdir yüce Türk milletinindir" demiştir. Başbuğ’un mahkemede, silahlı terör örgütü kurmak ve yönetmekle suçlanmasının trajikomik olduğunu belirterek "Bu iddianın bu şekilde dile getirilmesi bile benim için en ağır cezadır, bundan sonra ne ceza verilirse bu beni daha fazla üzmez. Kötü amacım olsa 700 bin kişilik gücü elinde tutan bir komutan olarak başka yolları denerdim.
5 Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında darbeye teşebbüs ve terör örgütü yöneticiliğinden müebbet hapis cezasına çarptırıldı ve 7 Mart 2014'te İstanbul 20. Ağır Ceza Mahkemesi, İlker Başbuğ'a "özgürlükten yoksun bırakmanın hukuki olmadığı iddiasının, yerel mahkemece etkili bir şekilde incelenmeden reddedilmesi ve mahkumiyete ilişkin gerekçeli kararın açıklanmaması" gerekçe göstererek tahliye kararı almıştır.
Başbuğ, cezaevi çıkışında şöyle demiştir:
Hepinizi sevgi ve saygıyla selamlıyorum. 6 Ocak akşamı hatırlarsanız şöyle demiştim; Takdir yüce Türk milletine aittir. Aradan tam 2 sene 2 ay yani toplam 26 ay geçti. Bizi bu cezaevinde 26 ay nefret ve intikam duygularıyla hareket edenler tuttu. Benim 26 ay hayatımdan çaldılar. Benim 26 ay hürriyetimden yoksun bırkatılar. Ama dediğim gibi yüce Türk milleti oynanan oyunu bozdu. O yüzdne burada yüce Türk milleitme en derin şükranlarımı sunuyorum.
Bugün benim serbest bırakılmam bir başlangıçtır. Bütün kalbimle inanıyorum kiSilivri'de, Hasdal'da, Sincan'da, Maltepe'de benim gibi suçsuz bulunan arkadaşlarım da en kısa zamanda hürriyetlerine kavuşacaklardır. Mamak, Hadımköy dahil. Bu gerçekleşmez ise bugün benim serbest kalmam, hürriyetimi kazanmamın hiçbir önemi ve anlamı olmaz. Çünkü ben ne kadar suçsuz isem, bugün geride bıraktığım Tuncer Kılınç Paşa, Hurşit Tolon Paşa, Bilgin Balanlı Paşa, Hasan Iğsız Paşa, diğer tarafta Tuncay Özkan'lar ve Doğu Perinçek'ler de suçsuzdur.
Cezaevi 26 ay, bu da tarihin bir cilvesi midir? 26. Genelkurmay başkanı, 26 ay... Cezaevi ne derseniz; cezaevi ızdırap, açı çekmek. Ama bütün bunlara rağmen içimde nefret ve intikam duyguları taşımıyorum. Çünkü nefret duyanlar kendilerini de bir felakete sürüklerler.
Aziz milletim benim ve bütün arkadaşlarımın yürekleri ve elleri tertemiz. . Biz tek bir şey istiyoruz, adalet istiyoruz. Bu adaletin gerçekleşmesi için görev başında nasıl mücadele ettiysem, burada iki yıl içerisinde nasıl mücadele ettiysem, dışarıda bulunduğum sürede de aynı şekilde mücadeleme devam edeceğim. Ta ki son arkadaş buradan çıkıncaya kadar.
Ümraniye'de bulunan bir kaç el bombasından hareket ederek sanal bir Ergenekon Terör Örgütü projesini uygulamayı kimler planlamıştı. Bu sorunun cevabı mutlaka bulunmalıdır. Ve bu projeleri yapanlar adil yargılanmayla adaletin önüne çıkartılmalıdır. Danıştay cinayetini, sanal Ergenekon Terör Örgütü'yle ilişkinlendirmek projesi kime aittir? Bunlar da ortaya çıkmalıdır, hesap sorulmalıdır.
Hanefi Avcı daha ne kadar içeride tutulacaktır. Bu insafsızlıktır, ayıptır. Bunu kimler istemektedir? Değerli sınıf arkadaşım Hurşit Tolon Paşa sadece bir gizli tanığın ifadesine bakılarak Zirve Cinayeti'yle ilişkilendirilmektedir. Ne tesadüftür bu gizli tanık da Tuncay Özkan'a benzemektedir. Bu kadar mı tesadüf olur?
Balyoz davasında 51 numaralı harddisk'in TÜBİTAK dışında başka bir bilirkişi tarafında incelenmesi tarafında yırtındık adeta? Niçin bunun önü kesildi? Kimler bunlar? Mutlaka bunlar bulunmalı.İşin en vahimi bugün çeşitli arkadaşlarımız bunlar hastadır. Morale ihtiyaçları var, ama bu hakimlerde vicdan yok. Ben bunların vicdan taşıdığına inanmıyorum. Bu hasta insanların morale en çok ihtiyacı olduğu zamanda içeride tutulur mu? Vicdan yok, Allah korkunuz da mı yok.
Özel Yetkili Mahkemeler'in çukura gömülmesi tabi ki Türkiye Cumhuriyeti'nin demokratikleşmesinde en büyük katkı olmuştur.
Son olarak söyleyeceğim şudur; Türkiye Cumhuriyeti, Cumhuriyet tarihinin en kiritk dönemlerini yaşamaktadır. Özellikle yargıda bütünüyle ayakta kalan bir tek kurum vardır; Anayasa Mahkemesi. Umuyor ve inanıyorum ki Anayasa Mahkemesi bugüne kadar almış olduğu doğru kararları önümüzdeki dönemde de başarıyla sürdürerek Türkiye'nin demokratikleşmesininde en önemli rolü oynayacaktır.
