Atatürk'ün ilk hastalık belirtisi 1937 yılında ortaya çıktı. 1938 yılı başlarında Yalova'da bulunduğu sırada, ciddî olarak hastalandı. Buradaki tedavi olumlu sonuç verdi. Fakat tamamen iyileşmeden Ankara'ya yaptığı yorucu yolculuk, hastalığının artmasına sebep oldu. Bu tarihlerde Hatay sorununun gündemde olması da onu yormaktaydı. Hasta olmasına rağmen, Mersin ve Adana'ya geziye çıktı. Kızgın güneş altında askerî birliklerimizi teftiş edip tatbikat yaptıran Atatürk, çok yorgun düştü. Ülkü edindiği millî dava uğruna kendi sağlığını hiçe saydı. Güney seyahati hastalığının artmasına sebep oldu. 26 Mayıs'ta Ankara'ya döndükten sonra tedavi ve istirahat için İstanbul'a gitti. Doktorlar tarafından, siroz hastalığı teşhisi kondu.
Deniz havası iyi geldiği için, Savarona Yatı'nda bir süre dinlendi. Bu durumda bile ülke sorunlarıyla ilgilenmeye devam etti. İstanbul'a gelen Romanya kralı ile görüştü. Bakanlar Kurulu toplantısına başkanlık etti. 4 Temmuz 1938'de Hatay Antlaşması'nın yürürlüğe girmesi Atatürk'ü çok sevindirip moralini düzeltti. Temmuz sonlarına kadar Savarona'da kalan Atatürk'ün hastalığı ağırlaşınca Dolmabahçe Sarayı'na nakledildi. Fakat hastalığı durmadan ilerliyordu. O'nun hastalığını duyan Türk halkı, sağlığıyla ilgili haberleri heyecanla takip ediyor, bütün kalbiyle iyileşmesini diliyordu. Hastalığının ciddiyetini kavrayarak 5 Eylül 1938'de vasiyetini yazıp servetinin büyük bir kısmını Türk Tarih ve Türk Dil kurumlarına bağışladı. Ekim ayı ortalarında durumu düzelir gibi oldu. Fakat, çok arzuladığı hâlde, Ankara'ya gelip cumhuriyetin on beşinci yıl dönümü törenlerine katılamadı.
29 Ekim 1938'de kahraman Türk Ordusu'na yolladığı mesaj, Başbakan Celâl Bayar tarafından okundu. "Zaferleri ve mazisi insanlık tarihi ile başlayan, her zaman zaferlerle beraber medeniyet nurlarını taşıyan kahraman Türk ordusu!" sözü ile Türk Ordusu'nun önemini belirtmiştir. Yine aynı mesajda "Türk vatanının ve Türk'lük camiasının şan ve şerefini, dahilî ve harici her türlü tehlikelere karşı korumaktan ibaret olan vazifeni, her an ifaya hazır ve amade olduğuna benim ve büyük ulusumuzun tam bir inan ve itimadımız vardır" diyerek Türk Ordusu'na olan güvenini belirtmiştir.
Atatürk 1 Kasım 1938'de Türkiye Büyük Millet Meclisi'nin açılış töreninde de bulunamadı. Hazırladığı açılış nutkunu Başbakan Celâl Bayar okudu. Atatürk bu nutkunda ülkenin imarı, sağlık hizmetleri ve ekonomi konularındaki faaliyetleri açıkladı. Bundan başka eğitim ve kültür konularına da temas edip gençliğin millî şuurlu ve modern kültürlü olarak yetişmesi için İstanbul Üniversitesi'nin geliştirilmesi, Ankara Üniversitesi'nin tamamlanması ve Van Gölü civarında bir üniversitenin kurulması için çalışmaların yapıldığını belirtti. Türk Tarih ve Türk Dil kurumlarının çalışmalarından duyduğu memnuniyeti açıkladı. Ayrıca Türk gençliğinin kültürde olduğu gibi spor sahasında da idealine ulaştırılması için Beden Terbiyesi Kanunu'nun uygulamaya konulmasından duyduğu memnuniyeti belirtti. Atatürk, ölümüne kadar memleket meselelerinden bir an olsun uzak kalmamıştı.