Kalenin yapımına 1807 tarihinde padişah III.Selim zamanında başlanmış,1820 tarihinde padişah II.Mahmut döneminde bitirilmiştir.
19 Şubat 1807 tarihinde donanmasıyla Çanakkale Boğazını geçen İngiliz Amirali Duekworth’ın, on gün boyunca İstanbul’u kuşatıp başarılı olamayınca geri döndüğünde, Çanakkale Boğazından çıkarken iki İngiliz kalyonu Çamburnu Kalesindeki toplarla batırılmıştır. Yüzyıllarca İngiliz donanmasının en çok kin duyduğu kale olmuştur.
İngilizler I.Dünya Savaşı sonunda 30 Ekim 1918 tarihinde yapılan Mondros ateş-kes antlaşmasına dayanarak 09 Kasım 1918’de Çanakkale Boğazını işgal etmişlerdir.Bu işgal sırasında Çamburnu Kalesi’nin Kitabesini söküp götürmüşlerdir.