16 Mart 1920 günü İstanbul işgal edilince işgalci kuvvetler tarafından tutuklanarak Malta'ya sürüldü. 1921 yılı sonbaharında İnebolu'ya geldi.
2'nci Ordu Komutanı olarak istiklal Savaşı'na katıldı. Büyük Taarruz sırasında, saldırı planını çok riskli bularak şiddetle itiraz etti, ancak verilen emirleri de harfiyen uyguladı. Zafer, Yakup Şevki Subaşı'nı hem çok şaşırttı, hem de onu katıksız bir Atatürk hayranı yaptı.
9 Eylül 1922'de İzmir'in kurtuluşunun ardından komuta ettiği 2. Ordu ile beraber Çanakkale Boğazı'nda bulunan İngiliz güçlerinin kuşatılması harekatında görev aldı.
“Alıntı – Kurtuluş Savaşı Kahramanları.”